وفي حديث نافع بن الأزرق انه سأل الباقر (ع) عن مسائل منها قوله تعالى:
(واسأل من أرسلنا من قبلك من رسلنا أجعلنا من دون الرحمن آلهة يعبدون) من الذي يسأل محمد؟ وكان بينه وبين عيسى خمسمائة سنة. قال: فقرأ أبو جعفر (سبحان الذي أسرى بعبده ليلا) ثم ذكر اجتماعه بالمرسلين والصلاة بهم.
وتكلم بعض رؤساء الكيسانية مع الباقر في حياة محمد بن الحنفية قال له: ويحك ما هذه الحماقة أنتم أعلم به أم نحن؟ قد حدثي أبي علي بن الحسين انه شهد موته وغسله وكفنه والصلاة عليه وانزاله في القبر، فقال: شبه على أبيك كما شبه عيسى بن مريم على اليهود، فقال له الباقر: أفتجعل هذه الحجة قضاءا بيننا وبينك؟ قال: نعم، قال:
أرأيت اليهود الذين شبه عيسى عليهم كانوا أولياءه أو أعداءه؟ قال: بل كانوا أعداءه، قال: فكان أبي عدو محمد بن الحنفية فشبه له؟ قال: لا، وانقطع ورجع عما كان عليه.
وجاءه رجل من الشام وسأله عن بدو خلق البيت؟ فقال (ع) ان الله تعالى لما قال للملائكة: (اني جاعل في الأرض خليفة) فردوا عليه بقولهم: (أتجعل فيها) وساق الكلام إلى قوله: (وما كنتم تكتمون) فعلموا انهم وقعوا في الخطيئة فعاذوا بالعرض فطافوا حوله سبعة أشواط يسترضون ربهم عز وجل فرضى عنهم وقال لهم اهبطوا إلى الأرض فابنوا لي بيتا يعوذ به من أذنب من عبادي ويطوف حوله كما طفتم حول عرشي فأرضي عنهم كما رضيت عنكم، فبنوا هذا البيت. فقال له الرجل:
صدقت يا أبا جعفر فما بدو هذا الحجر؟ قال: ان الله تعالى لما أخذ ميثاق بني آدم أجرى نهرا أحلى من العسل وألين من الزبد ثم أمر القلم فاستمد من ذلك النهر وكتب اقرارهم وما هو كائن إلى يوم القيامة ثم ألقم ذلك الكتاب هذا الحجر فهذا الاستلام الذي ترى إنما هو بيعة على اقرارهم وكان أبي إذا استلم الركن قال: اللهم أمانتي أديتها وميثاقي تعاهدته ليشهد لي عندك بالوفاء. فقال الرجل: صدقت يا أبا جعفر، ثم قام فلما ولى قال الباقر لابنه الصادق: اردده علي، فتبعه إلى الصفا فلم يره، فقال الباقر (ع):
أراه الخضر.
وسأل محمد بن مسلم أبا جعفر: لأي شئ صارت الشمس أشد حرارة من القمر؟
فقال: ان الله تعالى خلق الشمس من نور النار وصفو الماء طبقا من هذا وطبقا من هذا حتى إذا كانت سبعة أطباق ألبسها لباسا من نار فمن ثم كانت أشد حرارة وخلق القمر من نور النار وصفو الماء طبقا من هذا وطبقا من هذا حتى صارت سبعة أطباق