إلا أنه لم يتعرض للقبر بسوء وظلت عمارة الوزير ابن سهلان إلى أيام الخليفة الناصر لدين الله الذي دام حكمه 47 سنة (575 - 622 ه‍)، وقد كان الناصر يتشيع ويميل إلى مذهب الإمامية، وقد جعل مشهد الإمام موسى الكاظم (عليه السلام) آمنا لمن لاذ به، فكان الناس يلتجأون إليه في حاجاتهم ومهماتهم وجرائمهم، فيقضي الناصر لهم حوائجهم، ويسعفهم فيما أهمهم، ويعفو عن جرائمهم (1).
وفي عهده كربلاء والعتبات المقدسة، وأمر وزيره مؤيد الدين محمد المقدادي العلقمي أن يقوم بإصلاح شؤون الحائر، فقام الوزير في سنة 620 ه‍ بتشييد القبر المطهر، فشيد ذلك المقام الرفيع، وكسا جدران الروضة بأخشاب الساج وزينه بالحرير الموشي والديباج (2).
الحائر في العهد المغولي بعد سقوط الدولة العباسية عام 656 ه‍ على يد هولاكو، ودخوله بغداد، وما أحدثه من دمار شامل وقتل ذريع، كتب عدد من شخصيات الشيعة إلى هولاكو يسألونه الأمان، فوافق هولاكو على إعطائهم الأمان، بعد أن أخذت جحافل المغول تغزو مدن الفرات الأوسط والجنوب، حتى استسلمت أكثر مدن العراق من دون أية مقاومة تذكر بعد انهيار جيش الخليفة العباسي واحتلال بغداد.
وفي سبب سلامة الكوفة والحلة والمشهدين الشريفين كما جاء عن الداودي قال:
" إن مجد الدين محمد بن طاووس خرج إلى هولاكو وصنف له كتاب (بشارة