عهدهم بصورة أوسع، فهدمت القبة السلجوقية في سنة (925) ه‍ وبني مكانها قبة أعلى وأفخم وأحسن منها، تقوم على ثمانية أضلاع، وكانت مزينة من الخارج بالكاشي، وأما من الداخل فقد كانت منقوشة بالذهب واللازورد، وكان الذي قام بهذا العمل امرأة اسمها (شاه بيگم بنت عماد بيك) وكانت هي امرأة الشاه إسماعيل الصفوي أول الملوك الصفوية، وهذه القبة باقية حتى الآن على المرقد الشريف بتغييرات في داخل القبة وخارجها، ولم يكن هناك إيوان ولا صحن ولا وضع ضريح من الداخل.
واستمر الحال على هذا إلى زمان الصفوية حيث بدأت التغييرات والتجديدات من عهدهم وبالتحديد من سنة (906) ه‍.
وفي سنة (925) ه‍ بنى شاه إسماعيل أو امرأته الإيوان الشمالي المتصل بالصحن القديم، وزينه بالكاشي (المعرق) وجعله المدخل الوحيد للحرم، كما أنه أي شاه إسماعيل قد وضع الأساس للصحن القديم، وفي سنة (950) ه‍ بنى الشاه طهماسب ضريحا على المرقد المطهر وكان من الكاشي، وفي سنة (1077) ه‍ بنى شاه سليمان الصفوي صحن النساء في الجهة الجنوبية من الحرم، وأصبح هذا الصحن طريقا خاصا لمقبرة الشاه سليمان، والشاه عباس، والشاه سلطان حسين، إذ من المعلوم أن مدخل هذه المقبرة كان من هذا الصحن فقط.