جهته الجنوبية - مدخلان ينفتحان على الصحن الكبير، ومدخلان - من جهته الشمالية - ينفتحان على ساحة المسجد الأعظم، وفي زواياه وجهته الشرقية عدد من الغرف.
وأما جهته الغربية ففيها الإيوان الذهبي الذي يتصل بالرواق المتصل بالضريح المقدس.
وإنك لتجد هذا الحرم المقدس كل يوم من قبل طلوع الفجر وإلى ما بعد منتصف الليل في حركة دائبة مستمرة، والناس يغدون ويروحون بين متعبد، وزائر، ومصل، وقارئ للقرآن، وطالب علم.
لذلك كان هذا الحرم الشريف قلب هذه المدينة النابض، ومعلمها البارز، ومهوى الأفئدة.
ويضم الحرم الشريف عددا كبيرا من قبور العلماء والأولياء والصالحين، دفن أصحابها بجوار السيدة فاطمة المعصومة (عليها السلام)، كما دفن في داخل الحرم عدد من العلويات وغيرهن، وكانت قبورهن متميزة تحت قبتين، وأما اليوم فيضمهن ضريح واحد تحت قبة واحدة، ولا يتميز من تلك القبور إلا مرقد السيدة فاطمة المعصومة (عليها السلام) وقد وضع عليه صندوق خشبي.
وذكر صاحب تاريخ قم أن القبة الأولى تضم قبر السيدة المعصومة (عليها السلام)، وقبر أم محمد بنت موسى أخت محمد بن موسى (عليه السلام)، وقبر أم إسحاق جارية محمد بن موسى، وتضم القبة الثانية قبر أم