المعرفة من قبل الموجود كتاب إبطال مذهب داود بن علي الأصبهاني، كتاب الرد على الزيدية كتاب تحقيق وجوه المعرفة. كتاب ما تفرد به أمير المؤمنين عليه السلام من الفضائل، كتاب الصلاة والتسليم على النبي أمير المؤمنين صلوات الله عليهما وآلهما. كتاب الرسالة في تحقيق الدلالة، كتاب الرد على أصحاب الاجتهاد في الأحكام. كتاب في الإمامة. كتاب فساد الاختبار، رسالة إلى بعض الرؤساء. الرد على المثبتة. كتاب الراعي والمرعي.
كتاب الدلائل والمعجزات. كتاب ماهية النفس. كتاب ميزان العقل. كتاب أبان حكم الغيبة. كتاب الرد على الإسماعيلية في المعد كتاب تفسير القرآن يقال إنه لم يتمه. كتاب في النفس (قال النجاشي في الفهرس) هذه جملة الكتب التي أخرجها ابنه أبو محمد (ثم قال) وآخر ما صنف مناهج الاستدلال إن مما أورده النجاشي من مؤلفاته تعرف أن المترجم له اليد الطولى في مختلف الفنون وبرع فيها منتهى البراعة وأتقنها غاية الاتقان (نسبة الكتاب إليه) قد عرفت تصريح جماعة من الأعلام بنسبة الكتاب إليه كالنجاشي والعلامة وابن شهرآشوب والبياضي والأفندي والنوري وغيرهم، ويلائم سند بعض أخباره طبقته، ففي أول بدع الثاني (ص 29) ما نصه (وفي مصحف أمير المؤمنين عليه السلام برواية الأئمة من ولده صلوات الله عليهم من المرفق ومن الكعبين حدثنا بذلك علي بن إبراهيم بن هاشم عن أبيه عن الحسين بن محبوب عن علي بن رئاب عن جعفر بن محمد عن آبائه صلوات الله عليهم، إلى تمام الخبر. وقال (ص 83) في تحقيق أن المقتول في يوم الطف علي بن الحسين الأكبر أو الأصغر (ما لفظه) فمن كان من ولد الحسين