سفره إلى مشهد - إلى إصفهان، كان عالمها آنذاك حجة الاسلام الرشتي، فأراد الشيخ أن يعرف المقام العلمي لحجة الاسلام الرشتي، فذهب إلى مجلس درسه، وفي الدرس ألقى حجة الاسلام الرشتي إشكالا على تلاميذه وطلب منهم الجواب، فلما سمع الشيخ الاشكال لقن الجواب لبعض من كان بجنبه، فذهب هذا الشخص وذكر الجواب لأستاذه، فبادر الأستاذ قائلا: هذا الجواب ليس لك، وقائل هذا الجواب صاحب مراتب عالية من العلوم، ثم قال: صاحب هذا الجواب إما الحجة ابن الحسن عجل الله فرجه أو الشيخ مرتضى النجفي، فقال التلميذ: إنه للشيخ مرتضى النجفي، فأرسل حجة الاسلام الرشتي بسرعة أشخاص ليعثروا على مكان الشيخ الأنصاري، فلما وجدوه في بعض الأماكن المعدة للزوار وأخبروه بأن الرشتي قادم لزيارته خرج هو أيضا لزيارته، فالتقيا في الطريق...
وفي سفر الشيخ أيضا إلى مشهد لما وصل إلى كاشان وبقي فيها أربع سنوات ليستفيد من الملا أحمد النراقي، قال الشيخ النراقي عندما أراد الشيخ مفارقته:
استفادتي من هذا الشاب - أي: الشيخ الأنصاري - أكثر من إفادتي له.
وبعد الأسفار الطويلة التي كانت للشيخ أستقر في النجف ليستفيد من علمائها، فحضر درس الشيخ علي بن الشيخ جعفر كاشف الغطاء، ودرس الشيخ محمد حسن صاحب الجواهر، والشيخ علي كاشف الغطاء هو آخر أستاذ درس عنده الشيخ الأنصاري، ومن بعده لم يدرس على أحد، بل كانت له حوزة مستقلة عامرة يدرس فيها.
ولما توفي الشيخ علي كاشف الغطاء كانت زعامة الشيعة بيد الشيخ حسن كاشف الغطاء أخي الشيخ علي، والشيخ محمد حسن صاحب الجواهر.
وبعد وفاة الشيخ حسن كاشف الغطاء عام 1262 ه‍ اختصت المرجعية بالشيخ محمد حسن صاحب الجواهر.
وفي سنة 1266 ه‍ مرض صاحب الجواهر، فأمر بتشكيل مجلس يحوي جميع العلماء، فلما حضر جميع العلماء عنده قال صاحب الجواهر: أين الشيخ مرتضى، ثم أمر