التنبيه في الإمامة، كتاب الرد على اليهود، كتاب في الصفات، كتاب الرد على أبي العتاهية في التوحيد، في شعره، كتاب الخصوص والعموم والأسماء والاحكام، كتاب الانسان والرد على ابن الراوندي، كتاب الأنوار في تاريخ الأئمة عليهم السلام، كتاب الرد على الواقفة، كتاب الرد على الغلاة، كتاب التوحيد، كتاب الارجاء، كتاب النفي والاثبات، كتاب مجالسه مع أبي علي الجبائي بالأهواز، كتاب في استحالة رؤية القديم تعالى، كتاب الرد على المجبرة في المخلوق والاستطاعة، كتاب مجالسه مع ثابت (مجالس ثابت) بن أبي قرة بن أبي سهل، كتاب نقض مسألة عيسى بن أبان في الاجتهاد، كتاب نقض مسألة أبي عيسى الوراق في قدم الأجسام مع إثباته الاعراض، وزاد محمد بن إسحاق بن النديم، على هذه الكتب في فهرسته، كتاب الرد على الطاطري في الإمامة، كتاب نقض مسألة الشافعي، كتاب الخواطر، كتاب المعرفة، كتاب تثبيت الرسالة، كتاب حدوث العالم، كتاب الرد على أصحاب الصفات، كتاب الحكاية والمحكي، كتاب نقض نعت الحكمة لابن الراوندي كتاب نقص التاج على ابن الراوندي، ويعرف بكتاب الشبك، كتاب نقض اجتهاد الرأي على ابن الراوندي، كتاب الصفات ".
أقول: النسخة الموجودة عندنا من النجاشي سقطت منها كلمة (والدين)، بعد قوله: (له جلالة في الدنيا): وهي موجودة فيما نقله التفريشي، والميرزا، في النهج والوسيط، وكذلك هي موجودة في الخلاصة: في القسم الأول، الباب 2، من فصل الهمزة (10)، وفي المجمع للمولى، الشيخ عناية الله القهبائي، وفي ذلك دلالة على وثاقة الرجل ولا أقل من حسنه.
روى الشيخ - قدس سره - في كتاب الغيبة: بإسناده عن جماعة من بني نوبخت، عند بيان أحوال الثاني من السفراء الممدوحين حال الغيبة، ص 226، (أبي جعفر محمد بن عثمان العمري رضي الله عنه): أنه من وجوه الشيعة