- على الأصح - وأمه بنت المقدس العلامة الأمير أبي طالب ابن العلامة الأمير أبى المعالي الكبير، وأم الأمير أبي طالب بنت المولى محمد صالح المازندراني شارح الكافي للكليني - التي أمها الفاضلة العالمة (آمنة بيكم) بنت العلامة المجلسي الأول المولى محمد تقي واخت العلامة المحدث المولى محمد باقر المجلسي الثاني صاحب البحار، ولذا يعبر السيد بحر العلوم في مصنفاته عن المجلسي الأول ب‍ (الجد) وعن المجلسي الثاني ب‍ (الخال).
ونشأ السيد مرتضى - في كربلا نشأة علمية علي أيدي علمائها العظام واخذ يتردد على النجف أيضا، ويمتاز من علومها الفياضة، حتى أصبح من العلماء الذين يشار إليهم بالبنان، وفي مرتبة سامية من الورع والتقوى وما إن انقضت أيام شبابه في العراق حتى غادرها إلى بلاد أبيه (بروجرد) في إيران، فبقي هناك مرجعا دينيا كبيرا، ورئيسا اجتماعيا - غير منازع - مدة من الزمن.
ورجع إلى النجف الأشرف - مسقط رأسه - سنة 1199، فاحتفى به أهل النجف بعامة طبقاتها، وعقدوا له المهرجانات والنوادي الترحيبية وانثال عليه شعراء عصره يزفون البشرى بقدومه المبارك إلى نجله سيدنا المهدي قدس سره.
فمن ذلك قصيدة للسيد أحمد العطار البغدادي المتوفى سنة 1215 ه‍ ومطلعها بشرى فبدر سماء المجد قد طلعها * ونور شمس نهار السعد قد سطعا إلى قوله:
ليهن سيدنا المهدى طلعته * التي بضوء سناها الكون قد سطعا ليبتهج، وله البشرى برجعته * التي بها غائب الأفراح قد رجعا قرت عيون البرايا حين أقبل بل * قرت عيون العلى والمكرمات معا إذ قر عينا به مهدي آل رسول * الله أصدع من بالحق قد صدعا