طبقات المجتمع - كافة - ألف وكتب في الأصول والفقه - كثيرا - وأبرز مؤلفاته " البرهان القاطع " في شرح المختصر النافع - يقع في ثلاث مجلدات ضخام، طبع حجري في إيران، من أهم المصادر الفقهية، والمراجع الاستدلالية، بحيث لا يستغني عنه طلاب العلم ورواد الفضيلة، وهو مجموعة أماليه على تلاميذه صباح كل يوم.
توفي - رحمه الله - في النجف الأشرف، ليلة السبت ثاني جمادى الثانية سنة 1298. وكان ليوم وفاته أثر بالغ في أنحاء البلاد، وصلى عليه أخوه " الحسين " ودفن في مقبرة خصصها له ولزوجته " الحاجية بيبي " التي هي من ذرية الآغا محمد باقر الهزار جريبي أستاذ السيد بحر العلوم. وتقع على يسار الداخل إلى الصحن الشريف من جهة شارع الطوسي. ودفنت - بعده - في نفس المقبرة ابنته زوجة السيد هادي ابن السيد جواد الكليدار الرفيعي ثم بعد ذلك دفن فيها أيضا الحجة السيد علي ابن السيد هادي بحر العلوم مدحه عامة شعراء عصره البارزين، كالسيد صالح القزويني، والشيخ إبراهيم صادق العاملي، والشيخ، جابر الكاظمي، وشقيقه الحجة " الحسين " وابن أخيه السيد إبراهيم الطباطبائي، والسيد موسى الطالقاني النجفي، وغيرهم كما ورثاه من الشعراء: الشيخ محمد سعيد الإسكافي البغدادي، والسيد محمد عباس الهندي اللكهنوي، والشيخ جابر الكاظمي، والشيخ ميرزا محمد الهمداني، وغيرهم.
خلف - من البنين - ثلاثة: السيد محمد باقر، والسيد هاشم، والسيد حسين - ومن الإناث - تسعة على الظاهر -: زوجة السيد محسن وزوجة السيد إبراهيم - ولدي أخيه الحسين - وزوجة السيد ميرزا جعفر الطباطبائي آل صاحب الرياض، وزوجة ابن أخيه السيد محمد بحر العلوم