النجف الأشرف، فبقي فيها ثلاث سنوات، ثم بعدها إلى كربلاء، حيث كان ينوي الإقامة فيها ثلاث سنين أيضا، ثم عاد إلى بغداد سنة 652 ه‍، وأقام بها إلى حين احتلال المغول لها، فشارك الناس محنتهم، وذاق آلام تلك الفتنة المروعة، وأهوال ذلك الهجوم البربري الكاسر، وفي ذلك يقول - هو بنفسه -:
تم احتلال بغداد من قبل التتر في يوم الاثنين 18 محرم سنة 656 ه‍، وبتنا ليلة هائلة من المخاوف الدنيوية، فسلمنا الله - جل جلاله - من تلك الأهوال (1).
وفي سنة 661 ه‍ ولي السيد ابن طاوس نقابة الطالبيين، وجلس على مرتبة خضراء، وفي ذلك يقول الشاعر علي بن حمزة مهنئا:
فهذا علي نجل موسى بن جعفر * شبيه علي نجل موسى بن جعفر فذاك بدست للإمامة أخضر * وهذا بدست للنقابة أخضر لان المأمون العباسي لما عهد إلى الإمام الرضا - عليه السلام - ألبسه لباس الخضرة، وأجلسه على وسادتين عظيمتين في الخضرة، وأمر الناس بلبس الخضرة (2).
واستمرت ولاية النقابة إلى حين وفاته، وكانت مدتها ثلاث سنين وأحد عشر شهرا (3).
مشايخه:
تلمذ السيد ابن طاوس - قدس سره - على كثير من أعاظم فقهاء الطائفة الإمامية الحقة، ونهل من معين علمهم الرقراق، منهم:
1 - الشيخ أسعد بن عبد القهار الأصفهاني.