وقالوا الفضل ثلاثة: فضل الله، قوله تعالى: (ولولا فضل الله عليكم ورحمته) وفضل النبي، قوله: (بفضل الله وبرحمته). قال ابن عباس: الفضل رسول الله والرحمة أمير المؤمنين. وفضل الأوصياء قال أبو جعفر (ع): (أم يحسدون الناس على ما آتاهم الله من فضله) قال: نحن الناس ونحن المحسودون وفينا نزلت. وقال:
ان الله تعالى أعطى المؤمن البدن الصحيح، واللسان الفصيح، والقلب الصريح، وكلف كل عضو منها طاعة لذاته ولنبيه ولخلفائه، فمن البدن الخدمة له ولهم، ومن اللسان الشهادة به، ومن القلب الطمأنينة بذكره وبذكرهم، فمن شهد باللسان واطمأن بالجنان وعمل بالأركان أنزله الله الجنان.
مسند أبي حنفية، قال الراوي: ما سألت جابر الجعفي قط مسألة إلا اتى فيها بحديث، وكان جابر الجعفي إذا روى عنه قال: حدثني وصي الأوصياء ووارث علم الأنبياء أبو نعيم في الحلية: الحاضر الذاكر الخاشع الصابر أبو جعفر محمد بن علي الباقر. وقال غيره: الإمام الباقر، والنور الباهر، والقمر الزاهر، والعلم القاهر، باقر العلم، معدن الحلم، اظهر الدين اظهارا، وكان للاسلام منارا، الصادع بالحق، والناطق بالصدق، وباقر العلم بقرا، وناقثره نثرا، لم تأخذه في الله لومة لائم، وكان لامره غير مكاتم، ولعدوه مراغم. قالوا: الكريم ابن الكريم ابن الكريم ابن الكريم: يوسف بن يعقوب بن إسحاق بن إبراهيم. وكذلك السيد ابن السيد ابن السيد ابن السيد: محمد بن علي بن الحسين بن علي.
ومما يدل على إمامته تواتر الامامية بالنصوص عليه من أبيه وجده، وكذلك الأخبار الواردة من النبي على الأئمة الاثني عشر إماما إماما، ومن قال بذلك قطع على إمامته. ومنها اعتبار طريق العصمة، وغير ذلك. قال ابن الحجاج:
إذا غاب بدر الدجى فانظر * إلى ابن النبي أبي جعفر ترى خلقا منه يزرى به * وبالفرقدين وبالمشتري إمام ولكن بلا شيعة * ولا بمصلى ولا منبر وقال المغربي:
يا ابن الذي بلسانه وبيانه * هدي الأنام ونزل التنزيل عن فضله نطق الكتاب وبشرت * بقدومه التوراة والإنجيل لولا انقطاع الوحي بعد محمد * قلنا محمد من أبيه بديل