وغسله بحسب وصيته تلميذاه العالمان الحاج مولى علي محمد الخوئي والآخوند المولى علي محمد الطالقاني.
ولما سمع الناس بوفاة الشيخ هاجوا بجميع طبقاتهم من كل جانب ومكان لتشييع جثمانه، حتى اتصل السواد من سور النجف إلى ساحل البحر، ولم يكن له قدس سره قرابة وجيه في البلد سوى تقاه وعلمه الجم الذي كان يضئ.
وصلى عليه بوصية منه الحاج السيد علي الشوشتري.
ودفن في صحن أمير المؤمنين عليه السلام في الحجرة المتصلة بباب القبلة في جوار عديله في الصلاح والزهد الشيخ حسين نجف، وقبره معروف لحد الآن وعليه شباك.
ولما توفي الشيخ كان عنده سبعة عشر تومان إيراني، وبهذا المقدار كان مقروضا بحيث لم يستطع أقر باؤه أن يقيموا العزاء عليه، فقام بنفقة عياله ومصرف فاتحته ستة أيام رجل نجفي من أهل المجد.
وأرخ وفاته بعض العلماء حيث قال:
رعاك الهدى أيها المرتضى * وقل بأني أقول رعاك أقمت على باب صنو النبي * وجبريل قد خط فيه ثراك فأصبحت بابا لعلم الوصي * وهل باب علم الوصي سواك كأنك موسى على طوره * تناجى به الله لما دعاك وليس كطورك طور الكليم * ووادي طوى منه وادي طواك طوى الشرع من تاريخه * " حوى الدين قبرك إذ قد حواك " فسلام عليه يوم ولد ويوم توفي ويوم يبعث حيا.
عملنا في الرسالة:
أول شئ عملناه في هذه الرسالة هو اخراج نصها بصورة صحيحة، فاعتمدنا