كلمة المركز لا يمكن دراسة التاريخ واستخلاص النتائج والدروس والعبر منه مالم يتم الاعتماد على منهج علمي دقيق يفضي إلى النتائج الصحيحة والمتوخاة من البحث. ومن أبرز خصائص هذا المنهج النظر إلى وقائع التاريخ وأحداثه كموضوعات خارجية يتم التثبت من صدقها أو عدمه من خلال البحث العلمي الصارم، والنظر المجرد من الأهواء والميول والمشاعر وهو نفس المنهج الذي اتبعه القرآن الكريم وربى المؤمنين على الالتزام به وتطبيقه فنراه يدعو المؤمنين في آيات كثيرة إلى التفكر في الوجود، والنظر في الكون والتمعن في الاحداث الجارية واستخلاص العبر والدروس الصحيحة منها، كما نراه يذم التقليد في العقائد والأفكار ويهاجم الرضوخ للأهواء والخضوع للميول ومشاعر الانتماء.
وقد ابتليت الأمة الاسلامية منذ صدر تاريخها الأول بالانحراف عن هذا المنهج والابتعاد عن تبنيه والإفادة من بركاته، وذلك في علاقاتها مع أهم مصدر لبناء الحياة الاسلامية بعد القرآن