وفاته ومدفنه ارتحل إلى رحمة ربه في ليلة الجمعة الثامن عشر من ربيع الثاني عام 1413 وشيع تشيعا حافلا بقم المقدسة في صباح السبت التاسع عشر من هذا الشهر على ما رأيت وحضرت وصلى عليه آية الله الشيخ أبو الفضل الخوانساري النجفي مد ظله ودفن في المسجد الذي يلي رأس فاطمة المعصومة (عليها السلام) بنت موسى بن جعفر (عليهما السلام) المشهور بمسجد «بالأسر» قريبا من محرابه الذي أقام الجماعة فيه صباحا.
وأقيمت له مجالس الفاتحة المتعددة في قم وطهران وخوانسار، رحمه الله وحشره مع جده أبي عبد الله الحسين (عليه السلام).