وكانت إمامته أربعا وثلاثين سنة، ودفن بالبقيع مع عمه الحسن ابن علي عليهما السلام، وثبتت له الإمامة من وجوه:
أحدهما: أنه كان أفضل خلق الله بعد أبيه علما وعملا، والإمامة للأفضل دون المفضول بدلائل العقول.
ومنها: أنه كان أولى بأبيه الحسين عليه السلام وأحقهم بمقامه من بعده بالفضل والنسب، والأولى بالامام الماضي أحق بمقامه من غيره، بدلالة آية ذوي الأرحام وقصة زكريا عليه السلام.
ومنها: وجوب الإمامة عقلا في كل زمان، وفساد دعوى كل مدع للإمامة في أيام علي بن الحسين عليهما السلام أو مدعى له سواه، فثبتت فيه، لاستحالة خلو الزمان من إمام.
ومنها: ثبوت الإمامة أيضا في العترة خاصة، بالنظر والخبر عن النبي صلى الله عليه وآله، وفساد قول من ادعاها لمحمد بن الحنفية - رضي الله عنه - بتعريه من النص عليه بها، فثبت أنها في علي بن الحسين عليهما السلام، إذ لا مدعى له الإمامة من العترة سوى محمد رضي الله عنه وخروجه عنها بما ذكرناه.
ومنها: نص رسول الله صلى الله عليه وآله بالإمامة عليه فيما روي من حديث اللوح - الذي رواه جابر - عن النبي صلى الله عليه وآله، ورواه محمد بن علي الباقر عليهما السلام عن أبيه عن جده عن فاطمة بنت رسول الله صلى الله عليهم (1)؟ ونص جده أمير المؤمنين عليه