5 - مدفنه ومرقده توجد في مواضع ثلاثة مراقد تنسب إليه:
1 - في قم:
قال المجلسي الأول: كان بقم، حتى مات بها، وقبره بقم مشهور (1).
وقال المجلسي الثاني: أما كونه مدفونا بقم، فغير مذكور في الكتب المعتبرة، لكن أثر قبره الشريف موجود، قديم، وعليه اسمه مكتوب (2).
نقول: إن المقام المنسوب إلى علي بن جعفر في مدينة قم ظاهر، ومشهور، ومزار يقصده المؤمنون للتبرك به.
وقد ذكر في ما كتب لهذه المدينة المقدسة من تواريخ قديمة وحديثة:
ففي بعض التواريخ القديمة ما ترجمته:
من البقاع المقدسة في قم الضريح المقدس لعلي بن جعفر ومحمد بن موسى، والواقع خارج المدينة.
بنيت البقعة والضريح من القاشاني الذهبي، الذي هو أغلى بكثير من الآجر المذهب.
والذي يبدو من تاريخ الآجر، أنه بني في سنة 666 للهجرة (3).
وقال المدرسي الطباطبائي - في مزارات قم - ما ترجمته: مزار علي بن جعفر