منهج التحقيق من الطبيعي ونحن نقوم بتحقيق كتاب " مسائل علي بن جعفر " أن لا نتجاوز الخصوصيات التي يتمتع بها هذا الأثر النفيس في كل مراحل التحقيق، باعتباره مصدرا أصليا توزعت نصوصه في أمهات الكتب الفقهية والحديثية كالكتب الأربعة وغيرها، من هنا كان اهتمامنا بالكتاب لا يقتصر على تحقيق الأصول المخطوطة، بل تعدى ذلك إلى ترتيب مستدرك له جمعنا فيه كل ما استطعنا استقصاءه من مسائل علي بن جعفر في المصادر المتفرقة مما لم يرد في كتاب المسائل المعروف وسوف نفصل ما قدمناه بما يلي:
أ - النسخ المعتمدة في التحقيق:
1 - النسخة المحفوظة في مكتبة الإمام الرضا عليه السلام، برقم 677، وهي منقولة عن أصل بخط محمد بن الحسين بن علي بن الحسين المازندراني، تاريخه صفر سنة 686 ه‍، ونسخة الفرع كتبت بخط النسخ مجهولة التاريخ والناسخ، حواشي الصفحات مليئة بالايضاحات والبيانات والشروح بالإضافة إلى عناوين لمحتوى المسائل، وورد في آخر النسخة ما يلي:
قد قوبلت هذه الرسالة الشريفة وصححت مرارا بقدر الوسع والطاقة على يد أقل العباد وأحوجهم إلى رحمة ربه الغفور عبد الحسين بن حاجي منصور عفي عنهما، تقع النسخة في 16 ورقة، بحجم x 25 16 سم، في كل ورقة 21 سطرا، وقد رمزنا لها ب‍ " ق ".
2 - النسخة المحفوظة في مكتبة آية الله المرعشي النجفي العامة، برقم 2038،