الزرقاء بناها أحمد بن عبد القوي ناظر قوص سنة 678 ثم جددت في أيام الملك الناصر حسن بن محمد بن قلاوون ثم في أيام الملك الأشرف سنة 765 ثم جددت في دولة الظاهر جقمق سنة 853 ثم جدد بناء الحجرة الشريفة سنة 881 في دولة الملك الأشرف قاتباي صاحب مصر وعمل عليها قبة سفلية تحت القبة الزرقاء ثم لما احترق الحرم الشريف ثانيا سنة 886 أعيد بناء الحجرة الشريفة وعمل عليها قبة عظيمة بدل القبة الزرقاء والتي تحتها وذلك في دولة الملك الأشرف قاتباي ثم جدد بناؤها سنة 891 في دولة الملك الأشرف ولم يزل ملوك بني العباس يجددون ما انهدم منها وكذلك ملوك بني عثمان وقد جددت في عهد السلطان عبد المجيد منهم كما سيأتي تفصيل ذلك كله.
" ومما بني في عهد الصحابة " وبعده قبل المائة الخامسة ما ذكره السمهودي في وفاء الوفا كما سيأتي في فصل الكتابة على القبور إن عقيلا لما حفر بئرا في داره وجد حجرا مكتوبا عليه هذا قبر أم حبيبة فدفن البئر وبنى عليه بيتا وإن ابن السائب قال دخلت البيت فرأيت القبر " وبنى " الرشيد قبة على قبر أمير المؤمنين " ع " كما عن عمدة الطالب وغيره وكان الرشيد في المائة الثانية ثم تتابع البانون في بنائها إلى اليوم وفيها يقول الحسين بن الحجاج الشاعر المشهور المتوفى سنة 391 في مطلع قصيدة:
يا صاحب القبة البيضا على النجف * من زار قبرك واستشفى لديك شفي وعن الخطيب البغدادي في تاريخ بغداد أن الكاظم عليه السلام دفن في مقابر الشونيزية خارج القبة وقبره هناك مشهور يزار وعليه مشهد عظيم فيه القناديل وأنواع الآلات والفرش ما لا يحد " انتهى " فيدل على وجود قبة عند دفن الكاظم عليه السلام وهو سنة 183 وعلى وجود مشهد في عصر الخطيب المولود سنة 392 ولا بد أن يكون حدوثه قبل عصره " وذكر " المؤرخون وعلماء الأثر وجل من كتب في التراجم أن الأئمة زين العابدين والباقر والصادق عليهم السلام دفنوا في قبة الحسن عليه السلام والعباس رضوان الله عليه بالبقيع وكانت وفاة زين العابدين " ع " سنة 59 ووفاة الباقر عليه السلام في أوائل المائة الثانية في العشر الثاني منها ووفاة الصادق " ع " سنة 148 كما ذكروا بناء القباب والمشاهد على جملة من القبور قبل المائة الخامسة " مثل " أن الإمام علي بن موسى الرضا دفن في القبة التي دفن فيها هارون الرشيد بطوس في دار حميد بن قحطبة