ذلك قبل موت عمر وخلال أيام الشورى وقد عظم على المسلمين فعله. وجاء في تاريخ اليعقوبي ج 2 ص 141 إن الناس أكثروا اللغط في دم الهرمزان وإمساك عثمان عن عبيد الله بن عمر فصعد عثمان المنبر فخطب الناس ثم قال: ألا إني ولي دم الهرمزان وقد وهبته لله ولعمر وتركته لدم عمر. فقام المقداد بن عمرو فقال: إن الهرمزان مولى لله ولرسوله صلى الله عليه وآله وسلم وليس لك أن تهب ما كان لله ولرسوله صلى الله عليه وآله وسلم، قال فننظر وتنظرون ثم أخرج عثمان عبيد الله بن عمر من المدينة إلى الكوفة وأنزله دارا فنسب الموضع إليه " كويفة ابن عمر ".
وفي الطبقات عن أبي وجره عن أبيه قال رأيت عبيد الله آنذاك وهو يناجي عثمان وعثمان يقول له: قاتلك الله قتلت رجلا يصلي وصبية صغيرة وآخر في ذمة رسول الله صلى الله عليه وآله وسلم ما في الحق تركك. قال: فعجبت لعثمان حين ولي كيف تركه. وكان رأي علي عليه السلام والصحابة قتله بمن قتل.
وأخرج الطبري في تاريخه ج 5 ص 41 وابن الأثير في الكامل ج 2 ص 31 وذكروا عثمان وعفوه وهجاء زياد بن لبيد البياض الأنصاري عبيد الله بن عمر بذلك ونهي عثمان إياه فأجاب عثمان شعرا فنهاه عثمان فقال في عثمان شعرا يلومه.
وأخرج عوانة في كتاب الشورى والجوهري في كتاب زيادات السقيفة عن الشعبي إنه ما طرق سماع أمير المؤمنين عليا عليه السلام حكم عثمان في عبيد الله الذي قتل ثلاث مسلمين أبرياء حتى قال: سبحان الله لقد بدأها عثمان! بعفو عن حق امرء ليس بواليه! تالله إن هذا لهو العجب.
مخالفته لنص غسل الجنابة أخرج البخاري في ج 1 ص 109 ومسلم ج 1 ص 142 في صحيحهما أن زيد بن خالد الجهني أخبر عطاء بن يسار أنه سأل عثمان بن عفان: أرأيت إذا جامع الرجل امرأته ولم يمني. قال عثمان يتوضأ كما يتوضأ للصلاة ويغسل ذكره وقال سمعته