انتقاله من وطنه إلى إيران قال في الرياض نقلا عن المولى مظفر علي المذكور:
وقد توجه هذا الشيخ في زمن السلطان الشاه طهماسب الصفوي من جبل عامل مع جميع توابعه وأهل بيته إلى أصبهان، وأقام بها ثلاث سنين مشتغلا بإفادة العلوم الدينية وإفاضة المعارف اليقينية ويستفيد منه فيها علماء عراق العجم ولما اطلع الشيخ علي الملقب بالمنشار - وكان هو شيخ الاسلام بأصبهان والسلطان المبرور قد كان في بلدة قزوين - عرض عليه خبر ورود هذا الشيخ بأصبهان، ثم لما سمع السلطان المذكور هذا الخبر كتب السلطان المرحوم بخط نفسه إلى الشيخ حسين هذا وأرسل له الخلعة وطلب حضوره إلى بلدة قزوين مقر سلطنته في تلك الأوقات، ولما توجه هذا الشيخ إلى قزوين ووصل إلى خدمة السلطان المبرور عظمه وبجله غاية التعظيم والتبجيل وجعله شيخ الاسلام بقزوين.
واستمر على ذلك سبع سنين، وكان يقيم بها صلاة الجمعة بدل الظهر فإنه ممن يعتقد وجوب صلاة الجمعة عينا " كما هو اعتقاد شيخه الشهيد الثاني المذكور أيضا، ثم بعد ذلك قد فوض إليه منصب شيخ الاسلامية والإقامة بالمشهد المقدس الرضوي، فأقام فيه مدة.
ثم لما كان أكثر أهل هراة في تلك الأوقات عارين عن معرفة الأئمة الاثني عشر وعن التدين بمذهب أهل البيت عليهم السلام، أمره السلطان المزبور بالتوجه إلى بلدة هراة والإقامة بها لارشاد ضلال أهل الضلال لتلك الناحية وأعطاه ثلاث قرايا من قرى تلك البلدة، وقد أمر السلطان المذكور الأمير شاه قلي سلطان يكان - أعني حاكم بلاد خراسان - بأن يحضر كل جمعة بعد الصلاتين