تسعة وعشرين سنة. ويقال ثمان وعشرين سنة.
مرض في أول شهر ربيع الأول سنة ستين ومائتين، وتوفي يوم الجمعة لثمان خلون منه. وقد أخفى مولد ابنه لشدة طلب سلطان الوقت له فلم يره إلا الخواص من شيعته.
وتولى اخوه اخذ تركته وسعى إلى السلطان في حبس جواري أبى محمد (ع) وشنع على الشيعة في انتظارهم ولده وجرى على المخلف كل بلاء، واجتهد جعفر في المقام مقامه فلم يقبله أحد برأوا منه ولقبوه الكذاب فورد إلى عبد الله بن خاقان وقال: اجعل مرتبة أخي وأنا أوصل إليك في كل سنة عشرين ألف دينار، فزبره وقال: يا أحمق ان السلطان جرد سيفه في الدين زعموا ان أباك وأخاك أئمة ليردهم عن ذلك فلم يتهيأ له فان كنت عند شيعة أبيك وأخيك إماما فلا حاجة بك إلى مرتب، ثم أمر أن يحجب عنه.
ثقاته وأصحابه ورواة النص عليه ويستدل على إمامته (ع) بطريق العصمة والنصوص، وبما استدل على أمير المؤمنين بعد النبي بلا فصل وكل من قطع على ذلك قطع على أن الامام بعد علي بن محمد النقي الحسن العسكري لأنه لم يحدث مزقة أخرى بعد الرضا (ع) وقد صحت إمامته.
وطريق النص من آبائه عليهم السلام من المؤالف والمخالف.
ورواة النص من أبيه يحيى بن بشار القنبري، وعلي بن عمرو النوفلي، و عبد الله ابن محمد الأصفهاني، وعلي بن جعفر، ومروان الأنباري، وعلي بن مهزيار، وعلي ابن عمرو العطار، ومحمد بن يحيى، وأبو هاشم الجعفري، وأبو بكر الفهفكي، وشاهويه بن عبد الله، وداود بن القاسم الجعفري، و عبد الله بن محمد الأصفهاني.
قال أبو الحسن (ع): صاحبكم بعدي الذي يصلي علي ولم يكن يعرف أبا محمد قبل ذلك، فلما مات أبو الحسن خرج أبو محمد فصلى عليه.
وروى ابن قولويه عن علي بن جعفر ومروان الأنباري والحسن الأفطس انهم حضروا يوم توفي محمد بن علي بن محمد (ع) دار أبي الحسن وهي مملوة من الناس إذ نظر إلى الحسن وقد جاء مشقوق الجيب حتى قام عن يمينه ونحن لا نعرفه فنظر إليه أبو الحسن بعد ساعة من قيامه ثم قال: واحدث لله شكرا فقد احدث فيك أمرا.
فبكى الحسن (ع) واسترجع قال: الحمد لله رب العالمين وأنا أسأل تمام النعمة