وعمره خمس وعشرون سنة، قالوا: وثلاثة اشهر واثنان وعشرون يوما. وأمه أم ولد تدعى درة وكانت مريسية ثم سماها الرضا (ع) خيزران، وكانت من أهل بيت مارية القبطية، ويقال: انها سبيكة وكانت نوبية. ويقال: ريحانة وتكنى أم الحسن.
ومدة ولايته سبع عشر سنة. ويقال: أقام مع أبيه سبع سنين وأربعة اشهر ويومين وبعده ثمانية عشر سنة إلا عشرين يوما.
فكان في سني إمامته بقية ملك المأمون، ثم ملك المعتصم والواثق، وفي ملك الواثق استشهد.
قال ابن بابويه: سم المعتصم لمحمد بن علي. وأولاده: علي الامام، وموسى، وحكيمة، وخديجة، وأم كلثوم.
وقال أبو عبد الله الحارثي: خلف فاطمة وامامة فقط، وقد كان زوجه المأمون ابنته ولم يكن له منها ولد.
وسبب وروده بغداد إشخاص المعتصم له من المدينة فورد بغداد لليلتين من المجرم سنة عشرين ومائتين وأقام بها حتى توفي في هذه السنة.
رواه النص عليه وثقاته وأصحابه والدليل على إمامته اعتبار القطع على العصمة ووجوب كونه اعلم الخلق بالشريعة واعتبار القول بامامة الاثني عشر وتواتر الشيعة. واما قول الكيسانية والفطحية وغيرهم فكلهم قد انقرضوا ولو كانوا محقين لما جاز انقراضهم لان الحق لا يجوز ان يخرج عن أمة محمد.
وقد ثبت بقول الثقات إشارة أبيه إليه، منهم: عمه علي بن جعفر الصادق، وصفوان بن يحيى، ومعمر بن خلاد، وابن أبي نصر البزنطي، والحسين بن يسار، والحسن بن جهم، وأبو يحيى الصنعاني، ويحيى بن حبيب الزيات.
وكان بابه عثمان بن سعيد السمان.
ومن ثقاته: أيوب بن نوح بن دراج الكوفي، جعفر بن محمد بن يونس الأحول، والحسين بن مسلم بن الحسن، والمختار، بن زياد العبدي البصري، ومحمد بن الحسين بن أبي الخطاب الكوفي.
ومن أصحابه: شاذان بن الخليل النيسابوري، ونوح بن شعيب البغدادي،