في حبس جعفر بن سليمان، حتى حج أبو جعفر، فعرضت له حمادة بنت معاوية، فصاحت به: يا أمير المؤمنين، الحسن بن معاوية قد طال حبسه فانتبه له: وقد كان ذهل عنه، فسار به معه حتى وضعه في حبسه ولم يزل محبوسا حتى ولي المهدي.
قال الزبير في خبره الذي أخبرني به الحرمي عن الزبير قال: حدثني عبد الله ابن الحسن بن القاسم: ان الحسن بن معاوية قال لأبي جعفر وهو في السجن وقد أتاه نعى أخيه يزيد بن معاوية يستعطفه على ولده:
إرحم صغار بني يزيد إنهم * أيتموا لفقدي لا لفقد يزيد وارحم كبيرا سنه متهدما * في السجن بين سلاسل وقيود ولئن أخذت بجرمنا وجزيتنا * لنقتلن به بكل صعيد أو عدت بالرحم القريبة بيننا * ما جدكم من جدنا ببعيد قال أبو الفرج علي بن الحسين بن محمد الأصفهاني: ومن مختار ما رثي به محمد ابن عبد الله من الشعر، قول غالب بن عثمان الهمداني أنشدنيه عمر بن عبد الله العتكي، عن عمر بن شبة:
يا دار هجت لي البكاء فأعولي * حييت منزلة دثرت ودارا بالجزع من كنفي سويقة أصبحت * كالبرد بعد بني النبي قفارا الحاملين إذا الحمالة أعجزت * والأكرمين أرومة ونجارا والممطرين إذا المحول تتابعت * دررا تداولها المحول غزارا والذائدين إذا المخافة أبرزت * سوق الكواعب ييتدرن حصارا وثبت نتيلة وثبة بعلوجها * كانت على سلفى نتيلة عارا فتصلمت ساداتها وتهتكت * حرما محصنة الخدور كبارا ولغت دماء بني النبي فأصبحت * خضبت بها الأشداق والأظفارا