شرح المحقق الكجوري بعض أبحاث شرائع الإسلام ومنها: كتاب الإجارة، وكتاب الصلاة. وقد كتب السيد صاحب الضوابط شهادته على اجتهاده في ظهرهما.
كما أنه شرح كتاب البيع بالتفصيل في أواخر عمره الشريف.
5 - شرح فرائد الأصول.
له حاشية كبيرة على فرائد الأصول للشيخ الأعظم الأنصاري وكان يعرضها على الشيخ الأعظم فيستحسنها. وهي مبسوطة مطبوعة. (1) وقد طبع هذا الكتاب في 1305 ه‍ في طهران بالطبعة الحجرية في 515 صفحة من القطع الرحلي ألفه في أربعة مجلدات:
المجلد الأول: في حجية القطع والظن ويقع في 235 صفحة، فرغ منه في يوم الاثنين 27 ذي الحجة سنة 1279 ه‍.
المجلد الثاني: في أصالة البراءة ويقع في 109 صفحات.
المجلد الثالث: في الاستصحاب ويقع في 72 صفحة، فرغ منه يوم الأحد 3 شعبان المعظم سنة 1276 ه‍.
المجلد الرابع: في التعادل والتراجيح ويقع في 99 صفحة، شرع فيه عام 1276 ه‍ وفرغ منه في 13 شعبان 1277 ه‍.
6 - شرح نتائج الأفكار لأستاذه صاحب الضوابط.
كتاب نتائج الأفكار هو في الأساس تلخيص لكتاب ضوابط الأصول، وقد شرحه شيخنا المترجم له شرحا تفصيليا مزجيا في مجلدين، فرغ منه في 29 ذي الحجة 1256 ه‍.
7 - دورة فقهية توجد نسخ بعض أبحاثها.