وكان أثناء اقامته بقونية استولى المغول على شرق العالم الإسلامي، فأحدث فيه فتنه وفسادا من سفك الدماء وهتك الاعراض واللعب بمشاعر الاسلام وهدم مشادة الأولياء وتخلية الجوامع من العباد إلى غير ذلك، كما أشار إليه القونوي في شرح الحديث الثاني والعشرون من الأربعين حديثا - رحمه الله تعالى - وفى هذه الفترة رأى القونوي في المنام النبي - صلى الله عليه وسلم - مكفنا على نعش، وعبره بان هولاكو دخل ببغداد - دار الخلافة الاسلامية ومركز العلوم وموطن العلماء والأولياء - فكان الامر هكذا حيث دخل هولاكو بغداد بجيوشه الهدامة في تلك الليلة.
وكان وفاته - رضي الله عنه - سنة 673 (1274 - م) بعد وفاة مولانا - قدس سره - بقليل، وقد كان اوصى بان يدفن في الحارة الصالحية بجنب أستاذه في دمشق، الا ان ذلك لم يتيسر، فدفن امام الجامع المسمى باسمه في بلدة قونية إلى هنا تم كلام - كامل ييلماز.
أقول: كما أخبر عن تعبير منامه بدخول هولاكو ببغداد بجيوشه الهدامة، كذا أخبر عن حوادث قارعة وفتن مظلمة في بلاد آناطول، حيث قال في أواخر وصيته عند الوفاة، بعد ان وصى أصحابه ان لا يخوضوا بعدي في مشكلات المعارضة الذوقية... ولا يقبلوا كلاما من ذوق أحد، اللهم الا من أدرك منهم الإمام محمد المهدى فليبلغه سلامي وليأخذ عنه ما يخبره به من المعارف لاغير، ولا يشتغلوا بشئ من العلوم النظرية وغيرها، بل يقتصروا على الذكر وتلاوة القرآن والمثابرة على الأوراد الموظفة ومطالعة ما سبقت الإشارة من الصريح الجلي من الأذواق المذكورة.
ومن كان متجردا فليقصد المهاجرة إلى الشام، فإنه سيحدث في هذا البلاد فتن مظلمة تغير سلامة الأكثرين منها " فستذكرون ما أقول لكم وأفوض امرى إلى الله ان الله بصير بالعباد (44 - مؤمن) " وان الله حسب من تقى وسلك سبيل هداه.
وفى قضيته استيلاء المغول على شرق العالم الإسلامي، قال في كتاب شرح الأربعين حديثا في كشف سر هذا الحديث (1) وايضاح ومعانيه - بعد ما نقل منامات عديدة من جملتها