شبهات بن خلدون والرد عليها في الفصل السابع والعشرين من المقدمة، خصص ابن خلدون حديثا طويلا عن مذاهب الشيعة في حكم الإمامة ضمنه تحامل شديد على مذاهبهم التي قسمها حسب ما جرت عليه أهواء أصحاب الملل والنحل والتراجم إلى فرق متعددة كان ابن خلدون فيها مجرد مقلد متعصب لمذهبه تبنى الطعون الناصبية على علاتها وقذف بها ذات اليمين وذات الشمال.
والحق أقول، إن ابن خلدون كان أكثر تعسفا وتعصبا من المظنون فيه وأكثر سطحية وعناد مما اشتهر به من نفاذ البصيرة وثاقب النظر.
يبدأ بتعريف لغوي للشيعة ويلخص نظرتهم في الإمامة في أنها ركن الدين وقاعدة الإسلام ثم يقول بعدها: " وأن عليا رضي الله عنه هو الذي عينه صلوات الله وسلامه عليه بنصوص ينقلونها ويؤولونها على مقتفى مذهبهم، لا يعرفها جهابذة السنة ولا نقلة الشريعة، بل أكثرها موضوع أو مطعون في طريقه أو بعيد عن تأويلاتهم الفاسدة (129) ".
وهنا لا بد أن نستفسر ابن خلدون عن هذه النصوص التي ينقله الشيعة ويؤولونها على مقتفى مذهبهم، يقول:
وتنقسم هذه النصوص عندهم إلى جلي وخفي: فالجلي مثل قوله: