عليه عمته فاطمة بنت علي من كثرة ما كان يتعب به جسمه من عبادة فأرسلت إليه الصحابي جابر بن عبد الله رضي الله عنه يكلمه في ذلك فقال لجابر: لا أزال على منهج أبوي متأسيا بهما حتى ألقاهما. وكان حسن الرأي بالشيخين أبي بكر وعمر رضي الله عنهما، وبالخليفة الراشد عثمان رضي الله عنه، شديد الحب لهم، والتقدير لأعمالهم، شديد الحب للصحابة أجمعين، فلما أظهر بعض المتسترين بآل البيت الطعن بأبي بكر وعمر تصدى لهم زين العابدين ففضح مكرهم وأظهر البراءة منهم. روى الحافظ ابن كثير عن محمد الباقر بن علي زين العابدين أن أباه جاءه قوم من أهل العراق فذكروا أبا بكر وعمر فنالوا منهما، ثم ابتدأوا في عثمان فقال لهم: أخبروني أأنتم من المهاجرين الأولين (الذين أخرجوا من ديارهم وأموالهم يبتغون فضلا من الله ورضوانا وينصرون الله ورسوله..) قالوا: لا. قال فأنتم من (الذين تبوءوا الدار والإيمان من قبلهم يحبون من هاجر إليهم) قالوا: لا. قال: وأنا أشهد أنكم لستم من الفرقة الثالثة الذين قال الله عز وجل فيهم: (والذين جاءوا من بعدهم يقولون ربنا اغفر لنا ولإخواننا الذين سبقونا بالإيمان ولا تجعل في قلوبنا غلا للذين آمنوا..) فقوموا عني لا بارك الله فيكم، ولا قرب دوركم، أنتم مستهزؤون بالإسلام ولستم من أهله.
وقال في قوم طعنوا بأبي بكر وعمر وعثمان رضي الله عنهم، وأحسن سوء ما يقولون في أبيه وجده من أكاذيب وأباطيل: ما أكذبكم وما أجرأكم على الله، نحن من صالحي قومنا، وبحسبنا أن نكون من صالحي قومنا.
وروى ابن سعد بسنده عن يحيى بن سعيد قال: قال علي بن حسين: والله ما قتل عثمان على وجه الحق.
وروي عن مسعود بن مالك أيضا قال: قال لي علي بن الحسين: ما فعل سعيد بن جبير. قال قلت: صالح قال: ذاك رجل كان يمر بنا فنسائله عن الفرائض وأشياء مما ينفعنا الله بها، إنه ليس عندنا ما يرمينا به هؤلاء، وأشار بيده إلى العراق.