عنده فأبى ابن عمر أن يفعل وكلم علي بن الحسين فقال: أفعل، فبعث بحرمه إلى علي بن الحسين فخرج بحرمه وحرم مروان حتى وضعهم بينبع وفي رواية:
إلى الطائف ولما أتي بزين العابدين إلى مسلم بن عقبة أمير الجيش الذي أخمد ثورة المدينة بكل قسوة وظلم قال: مرحبا وأهلا، ثم أجلسه معه على السرير... ثم قال له: إن أمير المؤمنين أوصاني بك، ثم أمر بدابته فأسرجت ثم حمله فرده عليها، ولم يلزمه بالبيعة ليزيد على ما شرط لأهل المدينة (1) وفي الطبقات الكبرى عن محمد الباقر بن علي بن الحسين أنه سئل عن يوم الحرة هل خرج فيها أأحد من أهل بيتك فقال: ما خرج فيها أحد.. لزموا بيوتهم فلما قدم مسرف وقتل الناس سأل عن علي بن الحسين فقال ما لي لا أراه، فبلغ أبي ذلك فجاءه ومعه عبد الله والحسن ابنا علي بن الحنفية، فلما رأى أبي رحب به وقال: إن أمير المؤمنين أوصاني بك خيرا، قال أبي: وصل الله أمير المؤمنين، ثم رحب بابني علي وانصرفوا من عنده وجاء مروان بن الحكم بعد معاوية بن يزيد فكانت علاقة زين العابدين به علاقة ود، وعرض مروان على زين العابدين أن يتزوج ليكثر نسله فاعتذر بقلة المال، فأقرضه مروان مئة ألف فتزوج، ثم أوصى مروان أبناءه إن لا يأخذوا منه شيئا...
وفي خلافة الوليد بن عبد الملك عزل الوليد عن المدينة هشام بن إسماعيل وعين عمر بن عبد العزيز أميرا عليها، وأمره أن يوقف هشاما للناس فخاف هشام أن يذكر زين العابدين شيئا من إساءاته، وأمر زين العبدين خاصته أن لا يتعرضوا لهشام بسوء، ومر علي زين العابدين بهشام وقد وقف للناس ولم يعرض له فقال هشام: الله يعلم حيث يجعل رسالته.