المسجد الجامع الكبير بهراة إلى خدمة هذا الشيخ لاستماع الحديث وينقاد لأوامر هذا الشيخ ونواهيه بحيث لا يخالفه أحد فأقام الشيخ بهراة ثمان سنين على هذا المنوال ثم سافر إلى قزوين لادراك خدمة السلطان المذكور فاستأذن منه لزيارة بيت الله الحرام لنفسه ولولده الشيخ البهائي فرخصه السلطان ولم يرخص ولده، وأمره بإقامته هناك واشتغاله بتدريس العلوم الدينية بها، فتوجه الشيخ حسين لزيارة بيت الله وزيارة المدينة المعظمة ورجع من طريق بحرين وأقام بتلك المدة إلى أن توفي (ره) سنة 984. قال ابن خلكان في ترجمة السائح علي بن أبي بكر الهروي:
هذه النسبة إلى مدينة هراة وهي إحدى كراسي خراسان فإنها مملكة عظيمة وكراسيها أربع: نيسابور ومرو وبلخ وهراة والباقي مدن كبار لكنها ما ينتهي إلى هذه الأربع. وبلدة هراة بناها الإسكندر ذو القرنين عند مسيرة إلى المشرق انتهى.
ولشيخنا البهائي قصيدة في وصف هراة فمنها قوله:
إن الهراة بلدة لطيفة * بديعة شائعة شريفة أنيقة أنيسة بديعة * رشيقة نفيسة منيعة خندقها متصل بالماء * وسورها سام إلى السماء ذات فضاء يشرح الصدورا * ويورث النشاط والسرورا حوت من المحاسن الجليلة * والصور البديعة الجميلة ما ليس في بقية الأمصار * ولم يكن في سائر الأعصار لست ترى في أهلها سقيما * طوبى لمن كان بها مقيما ما مثلها في الماء والهواء * كلا ولا الثمار والنساء كذلك الباغات والمدارس * فما لها في هذه مجانس هواؤها من الوباء جنة * كأنها من نفحات الجنة لو قيل إن الماء في الهراة * يعدك ماء النيل والفرات لم يك ذاك القول بالبعيد * فكم على ذلك من شهيد