الكافي، وله كتاب الوسائل، وكتاب الرد على القرامطة، وكتاب تفسير الرؤيا، أخبرنا بجميع كتبه ورواياته الشيخ المفيد أبو عبد الله محمد بن محمد بن النعمان، عن أبي القاسم جعفر بن محمد بن قولويه، عنه.
وأخبرنا الحسين بن عبيد الله قراءة عليه أكثر كتبه عن الكافي عن جماعة، منهم أبو غالب أحمد بن محمد الزراري، وأبو القاسم جعفر بن محمد بن قولويه، وأبو عبد الله أحمد بن إبراهيم الصيمري المعروف بابن أبي رافع، وأبو محمد هارون بن موسى التلعكبري، وأبو المفضل محمد بن عبد الله بن المطلب الشيباني، كلهم عن محمد بن يعقوب.
وأخبرنا السيد الاجل المرتضى، عن أبي الحسين أحمد بن علي بن سعيد الكوفي، عن الكليني.
وأخبرنا أبو عبد الله أحمد بن عبدون، عن أحمد بن إبراهيم الصيمري، وأبو الحسين عبد الكريم بن عبد الله بن نصر البزاز بتفليس وبغداد عن الكليني بجميع مصنفاته ورواياته، وتوفي محمد بن يعقوب سنة ثمان وعشرين وثلاثمائة ببغداد ودفن بباب الكوفة في مقبرتها، قال ابن عبدون: رأيت قبره في صراة الطائي وعليه لوح مكتوب فيه اسمه واسم أبيه ".
وعده في رجاله فيمن لم يرو عنهم عليهم السلام (27)، قائلا: " محمد بن يعقوب الكليني، يكنى أبا جعفر الأعور، جليل القدر، عالم بالاخبار، وله مصنفات يشتمل عليها الكتاب المعروف بالكافي. مات سنة تسع وعشرين وثلاثمائة في شعبان في بغداد ودفن بباب الكوفة، وذكرنا كتبه في الفهرست ".
وقال الشيخ يوسف البحراني في لؤلؤة البحرين في ذيل ترجمة الكليني (123): وقد نقل العلامة السيد هاشم البحراني في كتاب روضة العارفين قال:
وحكى بعض الثقات من علمائنا المعاصرين أن بعض حكام بغداد رأى بناء قبر محمد بن يعقوب، فسأل عن البناء فقيل: قبر بعض الشيعة، فأمر بهدمه وحفر