كتاب الحذاء والخف، كتاب الخاتم، كتاب علل الوضوء، كتاب الشورى، كتاب اللباس، كتاب المسائل، كتاب الخطاب، كتاب فضل العلم، كتاب الموالاة، كتاب مسائل الوضوء، كتاب مسائل الصلاة، كتاب مسائل الزكاة، كتاب مسائل الخمس، كتاب مسائل الوصايا، كتاب مسائل المواريث، كتاب مسائل الوقف، كتاب مسائل النكاح ثلاثة عشر كتابا، كتاب مسائل الحج، كتاب مسائل العقيقة، كتاب مسائل الرضاع، كتاب مسائل الطلاق، كتاب مسائل الديات، كتاب مسائل الحدود، كتاب ابطال الغلو والتقصير، كتاب السر المكتوم إلى الوقت المعلوم، كتاب المختار بن أبي عبيدة، كتاب الناسخ والمنسوخ، كتاب جواب مسألة نيسابور، كتاب رسالته إلى أبي محمد الفارسي في شهر رمضان، كتاب الرسالة الثانية إلى أهل بغداد في معنى شهر رمضان، كتاب إبطال الاختيار وإثبات النص، كتاب المعرفة برجال البرقي، كتاب مولد أمير المؤمنين عليه السلام، كتاب مصباح المصلي، كتاب مولد فاطمة عليها السلام، كتاب الجمل، كتاب تفسير القرآن، كتاب جامع أخبار عبد العظيم بن عبد الله الحسني، كتاب تفسير قصيدة في أهل البيت عليهم السلام.
أخبرنا بجميع كتبه وقرأت بعضها على والدي علي بن أحمد بن العباس النجاشي (رحمه الله)، وقال لي: أجازني جميع كتبه لما سمعنا منه ببغداد، ومات (رضي الله عنه) بالري سنة إحدى وثمانين وثلاثمائة ".
وقال الشيخ (709): " محمد بن علي بن الحسين بن موسى بن بابويه القمي: جليل القدر، يكنى أبا جعفر، كان جليلا، حافظا للأحاديث، بصيرا بالرجال، ناقدا للاخبار، لم ير في القميين مثله في حفظه وكثرة علمه، له نحو من ثلاثمائة مصنف، وفهرست كتبه معروف، وأنا أذكر منها ما يحضرني في الوقت من أسماء كتبه، منها: كتاب دعائم الاسلام، كتاب المقنع، وكتاب المرشد، وكتاب الفضائل، وكتاب المواعظ والحكم، وكتاب السلطان، وكتاب فضل العلوية،