ولما فتح هولاكو بغداد في سنة 656 ه‍ أمر أن يستفتي العلماء أيما أفضل:
السلطان الكافر العادل أو السلطان المسلم الجائر؟ فجمع العلماء بالمستنصرية لذلك، فلما وقفوا على المسألة أحجموا عن الجواب وكان رضى الدين علي بن الطاوس حاضر المجلس وكان مقدما محترما، فلما رأى احجامهم تناول الورقة وكتب بخطه: الكافر العادل أفضل من المسلم الجائر، فوضع العلماء خطوطهم معتمدين عليه 1.
أسرته، اخوته، خلفه الصالح:
الف - أبوه: هو السيد الشريف أبو إبراهيم موسى بن جعفر 2 بن محمد بن أحمد بن محمد بن الطاوس، كان من الرواة المحدثين، كتب روايته في أوراق ولم يرتبها، فجمعها ولده رضى الدين في أربع مجلدات وسماه: (فرحة الناظر وبهجة الخاطر مما رواه والدي موسى بن جعفر)، روى عنه ولده السيد على، وروى عن جماعة منهم: علي بن محمد المدائني والحسين بن رطبة، توفى في المأة السابعة، ودفن الغري. 3 ب - أمه: كانت أمه بنت الشيخ ورام بن أبي فراس 4، فهو جده لامه - كما صرح به في تصانيفه -، وكانت أم والده سعد الدين بنت ابنة الشيخ الطوسي، ولذا يعبر في تصانيفه كثيرا عن الشيخ الطوسي بالجد أو جد والدي، وعن الشيخ أبى على الحسن بن الشيخ الطوسي بالخال أو خال والدي.
ج - اخوته:
1 - السيد جمال الدين أحمد بن موسى بن طاوس، فقيه أهل البيت وشيخ