وقال الأفندي في " رياض العلماء ": ومن مؤلفاته أيضا: كتاب..
22 المطاعن المحرمية. نسبه إليه ولده الشيخ حسن في كتاب " عمدة المقال في كفر أهل الضلال " ونسبه إليه الشيخ المعاصر (لحر العاملي) في " الرسالة الاثني عشرية في الرد على الصوفية " مع أنه لم يذكره في " أمل الآمل " وقال في تلك الرسالة: إن الشيخ علي هذا، أورد في ذلك الكتاب أخبارا كثيرة في الرد على الصوفية وذمهم وكفرهم، وذكر فيه أيضا وجوها عقلية متعددة في هذا المعنى. وله أيضا:
23 رسالة في العدالة. و:
24 رسالة في الغيبة. وجواب أسئلة كثيرة، وإجازات كثيرة صغيرة وكبيرة، و:
25 الرسالة الحجية، نسبها إليه الصدر الكبير آميرزا رفيع الدين محمد في " رد شرعة التسمية " للسيد الداماد. وينقل عنها فيه. وقد رأيت نسخة منه مع شرح بعض علماء عصره عليها. وله أيضا:
26 حاشية على " تحرير الأحكام " للعلامة في الفقه. وينقل عنها الشيخ حسن في فروع " معالم الدين " وصرح بأنه مأخوذ منها في هوامش الكتاب.
وأما رسالة الجمعة فهي داخلة في " شرح القواعد " على ما صرح نفسه به في بحث صلاة الجمعة من " شرح القواعد " وقال: " من أراد أن يفرزها فليفرزها فإنها رسالة برأسها في الحقيقة ". وأودع في تلك الرسالة القول بالوجوب التخييري في صلاة الجمعة في زمن الغيبة، ولكن مع وجود المجتهد الجامع الشرائط. وكان هو مقيمها لأنه نائب على القوم.
وقال حسن بيگ روم لو المعاصر للشيخ علي الكركي هذا في تاريخه بالفارسية (أحسن التواريخ): وله أيضا:
27 الرسالة الكرية. و:
28 - حاشية على " المختصر النافع " للمحقق كلتاهما لم تتما. و:
29 الرسالة في التعقيبات.