وكان المأمون مشعوفا بابى جعفر عليه السلام لما قد رأى من فضله مع صغر سنه وبلوغه في العلم والحكمة والأدب وكمال العقل ما لم يساره فيه أحد من أهل ذلك الزمان فزوجه بابنته أم الفضل وحملها معه إلى المدينة وكان متوفرا على الكرامة وتعظيمه واجلاله قدره و كان في أيام إمامته عليه السلام بقية ملك المأمون ثم ملك المعتصم ثماني سنين وأشهرا وهو الذي بنى مدينة سر من رأى وجلب الأتراك، وفى أول ملكه استشهد ولى الله صلوات الله عليه الفصل الرابع في وقت وفاته وموضع قبره عليه السلام، توفى أبو جعفر الثاني عليه السلام ببغداد في ذي القعدة سنه 220 عشرين ومأتين، ودفن في مقابر قريش في ظهر جده أبى الحسن موسى بن جعفر عليهما السلام