أما نسبه أبا وأما: فإن أباه محمد الباقر (ع)، وأمه فروة بنت القاسم (ع) ابن محمد بن أبي بكر (رض)، وكان مولده بالمدينة سنة ثلاث وثمانين، وقد نص عليه من أبيه كما جاء في الاخبار على فنون شتى.
فروى أبو خالد أنه قال: قلت لعلي بن الحسين (ع): من الامام بعدك؟
قال محمد: ابني يبقر العلم بقرا ومن بعده ابنه جعفر واسمه عند أهل السماء الصادق (ع)، قلت: وكيف صار اسمه ا لصادق وكلكم صادقون؟ فقال:
حدثني أبي عن أبيه عن رسول الله (ص) قال: إذا ولد ابني جعفر بن محمد بن علي بن الحسين (ع) فسموه الصادق، فإن الخامس الذي من ولده اسمه جعفر يدعي الإمامة اجتراء على الله وكذبا عليه، فهو عند الله جعفر الكذاب المفتري على الله، ثم بكى علي بن الحسين (ع) وقال: كأني بجعفر الكذاب وقد حمل طاغية زمانه على تفتيش أمر ولي الله والمغيب في حفظ الله فكان كما ذكره (ع) وما أحراه بما قال الحميري رحمه الله تعالى:
[يا حجة الله الجليل * وعينه وزعيم آله] [وابن الوصي المجتبى * وشبيه أحمد في كماله] [أنت بن بنت محمد * حذوا خلقت على مثاله] [فضياء نورك نوره * وظلال روحك في ظلاله] [فيك الخلاص من الردى * وبك الهداية من ظلاله] [أثني ولست ببالغ * عشر الفريدة من خصاله] [تبا لقوم عاندوا * وصلوا بنار من وباله] [ويحا لهم ما عظموك * وأنت مدحك في مقاله] [سحقا لآل أمية * وسقوا حميما من نكاله] [ولآل عباس الأولى * سفكوا دم الهادي وآله] [صلى الإله عليك ما * بزغت شموس من جلاله] وفي الاكمال عن حيان السراج قال: قال السيد إسماعيل بن محمد