المأمون بن هارون الرشيد، وأبو الصلت عبد السلام بن صالح الهروي (ق)، وعلي بن صدقة الشطي الرقي، وعلي بن علي الخزاعي الدعبلي، وعلي بن مهدي بن صدقة بن هشام القاضي، له عنه نسخة، ومحمد بن سهل بن عامر البجلي، وابنه أبو جعفر محمد بن علي بن موسى، وأبو جعفر محمد بن محمد بن حيان التمار البصري، وموسى بن علي القرشي، وأبو عثمان المازني النحوي.
قال الزبير بن بكار: وولد موسى بن جعفر بن محمد: عليا، وإبراهيم، وعباسا، والقاسم، وإسماعيل، وجعفرا، وهارون، وحسنا، وأحمد، ومحمدا، وعبيد الله، وحمزة، وزيدا، وعبد الله، وإسحاق، وحسينا، والفضل، وسليمان، وحكيمة، وفاطمة، وأم البهاء، وعباسة، وقسيمة، وأم فروة، وأسماء، ورقية، وكلثم، وأم جعفر، ولبابة، وزينب، وخديجة، وعلية، وأمينة، وحسنة، وبريهة، وأم سلمة، وعائشة، وفاطمة، وميمونة، وأم كلثوم بني موسى بن جعفر لأمهات أولاد.
وقال أبو الحسين يحيى بن الحسن بن جعفر العلوي النسابة: فولد موسى بن جعفر بن محمد عليا الرضى، وفاطمة أمهما أم ولد. عقد له المأمون ولي عهد ولبس لباس الخضرة في أيامه. حدثني موسى بن سلمة، قال: كنت بخراسان مع محمد ابن جعفر، فسمعت أن ذا الرياستين (1) خرج ذات يوم وهو يقول: