64 - تحرير الأبحاث في معرفة العلوم الثلاث، المنطق والطبيعي والإلهي.
65 - بسط الإشارات، وهو شرح إشارات لابن سينا.
66 - تحصين الملخص، وكأنه شرح على ملخص فخر الدين الرازي، في الحكمة والمنطق.
67 - لب الحكمة.
68 - النور المشرق، في علم المنطق.
69 - ايضاح المعضلات من شرح الإشارات، وهو شرح لشرح المحقق الطوسي على إشارات ابن سينا المسمى بحل مشكلات الإشارات.
70 - التعليم التام في الحكمة والكلام.
71 - كتاب نهج العرفان في علم الميزان، في المنطق.
كتبه في الحديث:
72 - استقصاء الاعتبار في تحرير معاني الأخبار، قال في الخلاصة:
" ذكرنا فيه كل حديث وصل إلينا، وبحثنا في كل حديث على صحة السند أو ابطاله، وكون متنه محكما أو متشابها، وما اشتمل عليه المتن من المباحث الأصولية والأدبية، وما يستنبط من المتن من الأحكام الشرعية وغيرها، وهو كتاب لم يعمل مثله "، وأشار في المختلف في مسألة سؤر ما يؤكل لحمه بما دل على أنه في غاية البسط.
73 - مصابيح الأنوار، قال في الخلاصة: " ذكرنا فيه كل أحاديث علمائنا، وجعلنا كل حديث يتعلق بفن في بابه، ورتبنا كل فن على أبواب، ابتدأنا فيها بما روي عن النبي (صلى الله عليه وآله)، ثم بعده ما روي عن علي (عليه السلام)، وهكذا إلى آخر الأئمة (عليهم السلام) ".