وكان قد بقي في دار الخلافة منذ تسلمه الهادي كما ذكرناه عند وفاة أبيه ولما مات الهادي كان عند الرشيد إلى أن كبر وخرج فأخذ وحبس فخلص، واختفى إلى أن مات بالبصرة وقد جاوز الثمانين فلذلك سمى المختفى.
قال الشيخ أبو نصر البخاري: طلبه المتوكل فوجده في بيت ختنه بالكوفة وهو إسماعيل بن عبد الله بن عبيد الله بن الحسن بن عبيد الله بن العباس بن علي ابن أبي طالب " ع " وكانت تحته أمة الله بنت أحمد بن عيسى بن زيد فوجده وقد نزل الماء في عينيه فخلى سبيله. وحكى الشيخ أبو الفرج الأصفهاني في كتاب (الأغاني) الكبير: أن إسحاق بن إبراهيم الموصلي المصلى المغنى مات في رمضان سنة خمس وثلاثين ومائتين ونعى إلى المتوكل فغمه وحزن عليه وقال: ذهب صدر عظيم من جمال الملك وبهائه وزينته، ثم نعى إليه بعده أحمد بن عيسى بن زيد بن علي بن الحسين " ع " فقال: تكافأت الحالتان، وقام الفتح بوفاة أحمد - وما كنت آمن وثبته على - مقام الفجعية بإسحاق فالحمد الله على ذلك. هذا كلامه. وأول ما طالعت هذه الحكاية في (كتاب الأغاني) كتبت على حاشية ذلك الكتاب بيتا بدهني في الحال وهو:
يرون فتحا مصيبات الرسول * ويغتمون إن في الأقوام عواد فأعقب أحمد المختفى (1) بن عيسى بن زيد من رجلين، محمد المكفل، وعلى أما محمد بن أحمد المختفى فكان وجيها فاضلا، قال الشيخ أبو نصر البخاري: قال محمد بن زكريا العلائي كنا عند محمد بن أحمد بن عيسى بن زيد فتذاكرنا بالاخبار والابيات فذكر قريشا بطنا بطنا ثم كنانة وهذيل ثم ابتدأ ربيعة لما فرغ من مضر فما ترك