فتح هولاكو خان بعد حملته على إيران قلاع الإسماعيلية وقتل جميع الإسماعيليين، وهدم قلاعهم، وبعد سنة 1255 هجري، ثار آقا خان المحلاتي وكان من النزارية على محمد شاه القاجار، وفشل في نهضته التي قام بها في مدينة كرمان وهرب إلى بمبئي، فنشر الدعوة الباطنية النزارية بإمامته وزعامته هناك، ولا تزال دعوتهم باقية حتى الان، وتدعي النزارية الآن بال (آقا خانية).
المستعلية: استقرت الإمامة لأتباع المستعلي الفاطمي في خلفاء الفاطميين بمصر حتى انقرضت سنة 557 هجري. وظهرت بعد فترة فرقة (البهرة) في الهند على الطريقة نفسها، ولا تزال موجودة.
الدروزية: الطائفة الدروزية التي تقطن الان في جبال دروز في الشام، كانت في بداية الامر تابعة للخلفاء الفاطميين، حتى أيام الخليفة السادس الفاطمي، دعت إلى نشتجين الدروزي والتحقت بالباطنية.
تقف الدروزية عند الخليفة الحاكم بالله ويعتقد آخرون انه قتل، الا انها تدعي انه غاب عن الانظار، وعرج إلى السماء، وسوف يعود مرة ثانية بين الناس.
المقنعة: كانت من اتباع عطاء المروي المعروف بالمقنع في بادئ الأمر، وحسب ما يذكره المؤرخون انه كان من اتباع أبي مسلم الخراساني، وبعد وفاة أبي مسلم، ادعى ان روح أبي مسلم قد حلت فيه، وادعى النبوة بعد ذلك، وبعدها ادعى الألوهية، وحوصر سنة 162 في قلعة كيش من بلاد ما وراء النهر، وعندما تيقن بمحاصرته وقتله، اشعل نارا، ودخل فيها مع عدة من أصحابه واحترق، اختار أصحاب عطاء بعد زمن مذهب الإسماعيلية والتحقوا بالفرقة الباطنية.