سامراء حاضرة حكومته وذلك سنة 243 أثر سعاية بعض الأعداء، وكتب إلى الامام رسالة يظهر فيها احترامه وتقديره له، مطالبا فيها التوجه إلى العاصمة 1. وبعد وصول الامام إلى سامراء لم يكن هناك ما يجلب النظر من تضييق على الامام في بداية الامر. الا ان الخليفة سعى في اتخاذ شتى الطرق والوسائل لايذاء الامام، وهتك حرمته، فقام رجال الشرطة بتفتيش دار الامام بأمر من الخليفة.
كان المتوكل أشد عداء لأهل البيت من سائر خلفاء بني العباس، وخاصة بالنسبة للإمام علي بن أبي طالب عليه السلام، وكان يعلن عداءه وتنفره لعلي، فضلا عن الكلام البذئ الذي كان يتفوه به أحيانا وكان قد عين شخصا يقلد اعمال الإمام علي (ع) في مجالسه ومحافله، ويستهزئ وينال من تلك الشخصية العظيمة.
وأمر بتخريب قبة الإمام الحسين وضريحه والكثير من الدور المجاورة له، وأمر بفتح المياه على حرم الامام وقبره، وأبدلت أرضها إلى ارض زراعية كي يقضوا على جميع معالم هذا المرقد الشريف 2.
وفي زمن المتوكل أصبحت حالة السادة العلويين في الحجاز متدهورة يرثى لها، كانت نساؤهم تفتقر إلى ما يسترها والأغلبية منها كانت تحتفظ بعباءة بالية، يتبادلنها في أوقات الصلاة لأجل إقامتها 3 وكان الوضع لا يقل عن هذا في مصر بالنسبة إلى السادة العلويين.
كان الامام العاشر متحملا صابرا لكل أنواع هذا الاضطهاد والأذى