ما كتبه في التاريخ والعقائد دون أن يهتدي بهدي المنهج العلمي الحديث فيما سجله ودونه وعلة ذلك أن أحمد أمين خرج عن الخط الذي هئ له بعد تخرجه من مدرسة القضاء الشرعي وبعد أن عمل قاضيا في المحاكم الشرعية حدث ذلك حين اتصل بالدكتور طه حسين، واشتغل بالتدريس في كلية الآداب في بدء نشأتها، ولقد اعترف أحمد أمين نفسه بهذا التعبير المفاجئ في مجرى حياته العلمية وعبر عن ذلك، فقد اصطدم ببيئة جديدة لم يألفها من قبل، تغاير كل المغيرة ببيئة مدرسة القضاء الشرعي في موادها ومناهجها، ومسلك طلابها كما تختلف كل الاختلاف في وسائل البحث وحرية الفكر وكان الاحساس بالنقص سببا قويا في تلقف كل ما هو جديد يلمسه في الجامعة المصرية وكان صديقه طه حسين صديقه طه حسين في ذلك همزة الوصل التي ربطت بين الأساليب القديمة والمناهج الحديثة وهذا الجديد الذي أخذه أحمد أمين عن صديقه كثير جدا، لكن هذا الكثير يدور حول أربع نقاط رئيسية: منهج الشك في القديم، والصورة الفنية في الأسلوب، واستقصاء مادة البحث، وتطبيق المنهج العلمي في تناول الموضوعات وقد نجح أحمد أمين في اثنتين من هذه النقاط، وأخفق في اثنتين أما اللتان حققهما في أبحاثه ومؤلفاته فهما استقصاء مادة البحث، والصورة الفنية التي عالجها في مقالاته الأدبية.