وحج للمرة الثانية سنة 1062 ه‍ (1).
وزار أئمة العراق عليهم السلام (2) قبل انتقاله إلى مشهد الرضا عليه السلام ومجاورته هناك، ولكنا لا نعرف بالضبط تاريخ رحلته إلى العراق.
ثم رحل بعد زيارة أئمة العراق عليهم السلام إلى مشهد الرضا بطوس زائرا وبقي هناك مجاورا سنة 1073 (3) ولا يبعد أن يكون بقاؤه هناك بسبب طلب أهالي خراسان من العلماء وغيرهم.
وسافر إلى أصفهان في سنة 1085 ه‍ وأجاز هناك الشيخ المجلسي إجازة رواية، وأجازه المجلسي أيضا إجازة رواية (4).
ومن طريف ما ينقل عن الشيخ الحر عندما كان في أصفهان القصة التالية التي يذكرها السيد الخونساري في روضات الجنات، قال:
" ومن جملة ما حكي أيضا من قوة نفس صاحب الترجمة عليه الرحمة أنه ذهب في بعض زمن إقامته بأصفهان إلى عالي مجلس سلطان ذلك الزمان الشاه سليمان الصفوي الموسوي أنار الله برهانه، فدخل على تلك الحضرة المجللة من قبل أن يتحصل له رخصة في ذلك، وجلس على ناحية من المسند الذي كان السلطان متمكنا عليه، فلما رأى السلطان منه هذه الجسارة وعرف بعد ما استعرف أنه شيخ جليل من علماء العرب يدعى محمد بن الحسن الحر العاملي التفت إليه وقال له بالفارسية: شيخنا فرق ميان حر وخر چقدر است؟
فقال له الشيخ بديهة ومن غير تأمل: يك مسند يك مسند " (5).