ما يفسر به الشيعة بعض الآيات على هواهم لاعتقادهم بأن للقرآن ظاهرا وباطنا وأن الباطن له عدة بواطن لا يعرفها حق المعرفة إلا الامام المعصوم الذي يعتقدون أنه يوحى إليه وأنه يسمع الكلام الموحى به ولكنه لا يرى من يكلمه.
ومن أمثلة تفاسيرهم وتأويلاتهم ما ورد مرويا عن الإمام الباقر في شرح قوله تعالى: (من جاء بالحسنة فله خير منها وهم من فزع يومئذ آمنون، ومن جاء بالسيئة فكبت وجوهم في النار) أنه فسر الحسنة بأنها هي معرفة الامام وحب آل البيت وأن السيئة هي إنكار الامام وبغض آل البيت، وكذلك ما روى عن جعفر الصادق في قوله: (فسيرى الله عملكم ورسوله والمؤمنون) أنه فسرها بأن أعمال الناس تعرض على الأئمة من آل البيت.
وقد كان هناك فريق من علماء المسلمين يستمعون إلى ما يقوله أهل الكتاب من اليهود والنصارى نقلا عن كتبهم المقدسة فيصدقونها ويعتمدون عليها في تفسيرهم للقرآن، والحقيقة أن كتب أهل الكتاب وتفسيرها قد دخلها التحريف والتغيير على يد رجال الدين السابقين الذين حرفوها ودسوا فيها ما ليس منها طعما في حطام الدنيا أو إرضاء للحكام كما أنها عندما ترجمت من لغاتها الأصلية إلى اللغات الأخرى فقدت الكثير من حقائقها ومعانيها الأصلية، وذلك علاوة على ما خالط تفسير هذه الكتب من أساطير وخرافات وإسرائيليات كان خليقا بعلماء المسلمين الذين اعتمدوا عليها ألا يركنوا إليها ويحشروها في تفاسيرهم وفاتهم أن المقصود من هذه الإسرائيليات هو الافتراء على الدين الاسلامي بما هو براء منه ونتج عن ذلك تحقيق ما أراده أعداء الاسلام من البلبلة والتضليل، ومن أمثلة ذلك ما جاء في تفسر الثعالبي وغيره.
وكان الأحرى بالعلماء القدامى الذين عاشوا في العصور المضطربة اجتماعيا والمتأخرة عقليا أن يتنبهوا إلى ما جاء في كتاب الله من الحض على فهم القرآن