ومن أشهر مؤلفاته المطولة:
كتابه مصابيح الظلام في شرح مفاتيح شرائع الاسلام) ومنها - كتابه (جلاء العيون في ترجمة أحوال النبي والأئمة عليهم السلام).
ومن مؤلفاته التي نحا فيها نحو الأئمة من أعلام الشيعة كتابه أعمال السنة. ألفه على نمط (زاد المعاد للعلامة المجلسي الأول) ومن مؤلفاته التي استرعت التفاتي: رسالة في حجية العقل وفى الحسن والقبح العقلين.
ومن عنوان هذا الكتاب - الرسالة - نستخلص امتزاج العلوم العقلية، والعلوم النقلية في منهج هذا الامام المفسر الجليل.
وهو نهج عرف به علماء الشيعة منذ الصدر الأول من الاسلام، وهو عين النهج الذي تلقفه عنهم رؤوس المعتزلة، وزعماء علم الكلام.
وقد أشرت إلى ذلك في كثير من المقدمات العلمية التي صدرت وبها بعض كتب أعلام الشيعة (1) وفيها عقدت الموازنة بين الحياة العقلية عند الشيعة، والحياة العقلية عند المعتزلة - وعللت في ذلك الصلة القديمة بين التشيع والاعتزال منذ الصدر الأول من الاسلام وهو أمر لا يضير الشيعة في شئ بل على العكس من ذلك يضفى على تاريخهم لونا من ألوان النضج الفكري، وينفى عنهم ما يزعمه الخصوم والأعداء من صفات الخرافيين، وسمات الحشويين.
وقد جاء في ترجمة المؤلف، وفى ثبت مؤلفاته أن له تفسيرات ثلاثة للقرآن الكريم، وهى: الكبير، والوسط، والصغير.
وذكر في موضع آخر من قائمة مؤلفاته:
(التفسير الوجيز) وهو مجلد.
ومن هنا نستنبط طول باعه: وسعة اطلاعه، وما بلغه من دقة ودربة وممارسة لهذا الفن الرفيع من علوم الشريعة.
وقد أحسن (السيد مرتضى الرضوي الكشميري) صاحب مكتبة النجاح بالنجف الأشرف بالعراق الشفيق في اختيار نشر وطبع هذا التفسير الجليل لينتفع به العالم الاسلامي - دون غيره من تفاسير العصر الحديث.
وتعني بالعصر الحديث في عرفنا نحن مؤرخي الآداب: الامتداد الزمني الذي يبدأ من مطلع القرن الثالث الهجري - تقريبا - إلى اليوم.
أما وجه هذا الحسن الذي نعنيه، فإنه يدور حول منهج المفسر - العلامة شبر - حيث جمع في تفسيره بيم الدقة في أداء المعنى، والايجاز في إرسال العبارة وتحريرها على غاية الدقة.
ولا زلنا نسمع في مجالس العلم - حتى اليوم - كلام العارفين بفن التفسير حول تفسير الجلالين واعجابهم به حين يذكرون: أنه للمنتهين وليس للمبتدئين، ويعنون بذلك: أن ألفاظ الجلال السيوطي، والجلال المحلى فيما جاءا به من تفسير آيات القرآن الكريم أشبه بالمفاتيح والمصطلحات العلمية التي تقع تحتها معان كثيرة تستغرق في تفصيلها مجلدات ضخمة.
وإذا كنا نؤيدهم في هذا الحكم فإن تفسير (العلامة السيد عبد الله محمد رضا شبر) قياسا على المنهج الذي سلكه: يعتبر للمنتهين وللمبتدئين جميعا.
أما عن كونه للمنتهين، فلانه غاية في التركيز والايجاز والحرص على إيراد مصطلحات علم التفسير.
وأما عن كونه للمبتدئين فلانه جاء في أسلوب سهل ميسر، بجمع بين منهج التبسيط، ومنهج التعليل، ولا يكاد يجد الناشئ والمبتدى مشقة في الوقوف على معنى الآيات لما فيه من الوضوح والبيان وميزة أخرى انفرد بها تفسير هذا الامام، وهى عناية الاستقصاء بالأداء القرآني في وجوهه