تشيعه كما رجح ذلك أكثرهم، ولماذا كان المفضل لعلي (ع) على غيره والقائل بأنه هو الخليفة الشرعي بعد رسول الله (ص) أسوأ حالا ممن كان يقول في حجر بن عدي الكندي الصحابي الجليل، لقد كفر بالله كفرة أصلع، كأبي بردة بن أبي موسى الأشعري وعروة بن الزبير وأمثالهما من السبابين الفحاشين الذين قد أكثر البخاري من الرواية عنهم، وهم أسوأ حالا من الخوارج الذين كانوا يكفرون جميع المسلمين ويستحلون دماءهم وأموالهم لمجرد انهم لم يقفوا إلى جانبهم في المعارك التي دارت بينهم وبين الأمويين، ولم يقروا آراءهم التي لا ترتكز على أساس صحيح من العلم والدين والمنطق، مع العلم بأنه قد عاصر الامامين الهادي والعسكري (ع) ولا بد وأن يكون قد أدرك الإمام الجواد ولم يرو عنهم شيئا كما وانه لم يرو عن الأئمة الصادق والكاظم والحسن الزكي، ولا عن غيرهم من السادة العلويين والرواة لأحاديث أهل البيت الذين عاصرهم وعرف عن نشاطهم قي جمع الحديث وتدوينه وتصفيته في الفترة التي مر بها في معالجة هذه المواضيع.
ومجمل القول إن الشيخ محمد بن إسماعيل البخاري، مع أنه وجد في عصر كانت مدارس الفقه والحديث في منتهى نشاطها عند جميع الفرق والمذاهب الاسلامية ونشاط الشيعة كان بارزا ملموسا في أوائل القرن الثالث الذي ظهر فيه البخاري في مختلف العواصم والمناطق الاسلامية.
لا سيما الكوفة وبغداد وقم وغيرها من المدن الكبرى التي كانت تجمع العشرات ممن تفرغوا لدراسة الحديث وتدوينه، ومع ذلك فلم يرو عن أحد منهم. ولا عن الأئمة الثلاثة الذين عاصرهم، ولا عن الإمام الصادق (ع) مؤسس مدرسة الفقه والحديث وولده الإمام موسى بن جعفر، ولا عن أحد من العلويين كزيد بن علي وغيره. مع العلم بان زيد بن علي قد ترك اثرا في الفقه والحديث، من أبرز مؤلفات ذلك العصر، وترك تلاميذ