شهيد) احياى مجدد اجتهاد بود.
شايد دردناكتر از هر حادثه و ماجرايى كه متوجه محقق قمى در طول زندگى او شده واماندگى او در مورد " جنگ قفقازيه " بوده است. همانطور كه در صفحات بعدى بحث خواهد شد او از طرفى نمىتواند حكومت فتحعلى شاه را يك حكومت اسلامى و مكتبى بنامد و از طرف ديگر سعى مىكند كه شاه ايران را در مقابل تزار روس تضعيف نكند و اين را يك وظيفه شرعى جدى مىداند. اينجاست كه مىتوان گفت تقوى و روح احتياط كارىاش خود او را نيز سخت در تنگنا قرار مىدهد. جهاد با نيروهاى متجاوز روس را واجب مىداند اما اطاعت از فتحعلى شاه را واجب نمىداند. شايد اگر مرحوم محقق ثانى (شيخ بزرگوار على كركى) با فتحعلى شاه معاصر بود همانطور كه حكومت شاه طهماسب را تنفيذ نمود همانطور هم با فتحعلى شاه رفتار مىكرد. ليكن ميرزا اين تهور را نداشت به نظر ميرزا، شاه قاجار يك طاغوت به تمام معنى بود طاغوتى كه نبايد تضعيفش كرد. موضعگيرىهاى مكتبى ميرزا در اين مورد در لا به لاى همين جامع الشتات مشخص است.
اساتيد ميرزا اساتيد محقق قمى در حديث و علوم عبارتند از: پدر بزرگوارش، سيد حسين خوانسارى، آقا محمد باقر بهبهانى، شيخ محمد مهدى فتونى عاملى و آقا محمد باقر هزار جريبى.
شاگردان ميرزا شخصيت‌هاى زيادى در مكتب ميرزا پرورش يافته‌اند كه معروفترين شان عبارتند از:
شيخ اسد الله شوشترى صاحب " مقابيس "، سيد محسن اعرجى صاحب " المحصول "، كرباسى صاحب " الاشارات "، سيد عبد الله شبر صاحب " تفسير شبر "، محمد مهدى خوانسارى صاحب " رساله ابى بصير "، سيد على شارح منظومه بحر العلوم و سيد جواد عاملى صاحب " مفتاح الكرامه ".