وجود داشته و صد البته كمتر توانسته‌اند در اين گريزپايى موفق شوند و از دسترس رياست دور بمانند و بالاخره رياست خودش را به آنان رسانيده است.
حوزه درسى ميرزا در قلعه بابو پا نگرفت. تجربه‌هاى متوالى و متعدد، او را به شهر قم هدايت كرد. شايد به نظر او قم آن روز، هم يك اجتماع بود و هم از مزاياى انزوا برخوردار بود. قم كه دورانى مهد فقها و محدثين بود و بارها رونق علمىاش اوج گرفته و فراز و نشيبى را طى كرده بود. اينك از همهمه درس و بحث خالى و مسكن زهاد و عباد است. كه شايد ميرزا را هم در زمره آنان قرار دهد و در عين حال از درس و بحث هم محرومش نكند. اما چنين نشد با ورود ميرزا حوزه علميه قم جان گرفت و خاطره‌هاى گذشته را به ياد آورد.
ميرزا را به جد بايد حلقه اتصال قم عتيق با قم جديد ناميد. او مرجعيت قم را مجددا احياء كرد و وجود او مسلم كرد كه قم نمرده است. تجديد حياتى كه او به قم داد و از سقوط روزافزون قم جلوگيرى كرد زمينه را براى قدوم مرحوم حاج شيخ عبد الكريم حائرى (1) مؤسس حوزه علميه جديد قم، آماده كرد يعنى موجى كه ميرزا ايجاد كرده بود بيش از يك قرن تدوام داشت.
محقق قمى كتابهايش را در شهر قم نوشته و در آن شهر به مقام مرجعيت رسيده است. تا آخر عمر در آن شهر زيست و در آنجا نيز مدفون گرديد.
مدفن ميرزا:
در سال وفات ميرزا هنوز صحن بزرگ حرم حضرت معصومه عليها سلام ساخته نشده بود. ايوان طلا و صحن كوچك نيز در عصر خود ميرزا به دستور فتحعلى شاه ساخته شد.
حرم در گوشه قبرستان بزرگى قرار داشت. ميرزا را (تقريبا) در وسط آن و در موازات قبر