العالم الوهابي بشيخنا المترجم إلى السلطة الحاكمة آنذاك وحرضها على النيل منه، فما كان من السلطة إلا أن أودعته السجن، حيث لاقى فيه - على شيخوخته - ألوان العذاب والإهانة.
وبعد مدة أطلق سراح المترجم وسمح له بالعودة إلى منزله، وقبل وصوله إلى دار سكناه علم القاضي الوهابي بالإفراج عنه فاستشاط غضبا وحقدا، وأصدر حكما ظالما بقتل الشيخ المترجم أينما وجد، وأمر مناديه أن ينادي في السوق: " من أراد قصرا في الجنة فليضرب شيخ الرافضة علي بن رمضان "!!
وكان المترجم له في طريقه من سجنه إلى منزله مارا بسوق البلدة، فانهال عليه الأوباش وسفلة السوق والقصابون من أتباع الوهابية، ورشقوه بالحجارة وضربوه بالحديد والأخشاب والسكاكين حتى سقط إلى الأرض مضرجا بدمائه، وبينما هو يجود بنفسه إذ قصده أحد القصابين - واسمه علي أبو مجداد - وبيده عظم فخذ بعير، فضرب شيخنا الشهيد على رأسه وفلق هامته، ففاضت روحه الطاهرة ومضى إلى ربه مظلوما شهيدا صابرا محتسبا.
وكانت شهادته في مدينة (الهفوف) بالأحساء حدود سنة 1270 ه (4)، وقد رثاه تلميذه العلامة الجليل الشيخ أحمد بن محمد بن مال الله الصفار الأحسائي بقصيدة رائعة، وصف فيها الحادث المؤلم وما جرى لأستاذه من المظالم والقتل بصورة وحشية، فقال:
أصابنا حادث الأقدار بالخطب * وشب نار لظى الأحزان في اللبب من حين أخبرنا الناعي المشوم ضحى * عن مقتل الماجد الموصوف بالأدب العالم الفاضل الشيخ المهذب ذو * الفضل الجلي على عالي الرتب العابد الساجد الباكي بجنح دجى * كهف الأنام وغوث الله في الكرب