القائل بالتفسير الإشاري لا ينكر كون الظاهر مرادا ولكن يقول بأن في هذه الظواهر، إشارات إلى معان خفية تفهمه عدة من أرباب السلوك وأولو العقل والنهي وبذاك يمتاز عن تفسير الباطنية فإنهم يرفضون كون الظواهر مرادة ويأخذون بالبواطن هذا هو حاصل التفسير الإشاري.
وربما يؤيد ذلك ما ورد عن نبي الإسلام (صلى الله عليه وآله وسلم) بأن للقرآن ظهرا وبطنا، وظاهره حكم، وباطنه علم، ظاهره أنيق وباطنه عميق (1).
وربما يؤيد أيضا بقول سبحانه: * (فما لهؤلاء القوم لا يكادون يفقهون حديثا) * (2).
وقوله تعالى: * (أفلا يتدبرون القرآن ولو كان من عند غير الله لوجدوا فيه اختلافا كثيرا) * (3).
وقوله تعالى: * (أفلا يتدبرون القرآن أم على قلوب أقفالها) * (4).
فهذه الآيات تشير إلى أن القرآن له ظهر وبطن وذلك لأن الله سبحانه حيث يصف الكافرين بأنهم لا يكادون يفقهون حديثا لا يريد بذلك أنهم لا يفهمون نفس الكلام، لأن القوم كانوا عربا والقرآن لم يخرج عن لغتهم فهم يفهمون ظاهره بلا شك، وإنما أراد بذلك أنهم لا يفهمون مراده من الخطاب فحضهم على أن يتدبروا في آياته حتى يقفوا على مقصود الله ومراده وذلك هو الباطن الذي جهلوه ولم يصلوا إليه بعقولهم (5).