الإثم ولم يحسن لك الشكر، فزجره قيس وقال: يا أعمى القلب ويا أعمى البصر لولا أن ألقي بين رهطي ورهطك حربا لضربت عنقك، ثم أخرجه من عنده مذموما مدحورا، ولم يستطع قيس البقاء في المدينة بعيدا عن إمامه فخرج منها ومعه سهل بن حنيف، وقدما على الإمام أمير المؤمنين (عليه السلام) الكوفة، وذكر قيس للإمام (عليه السلام) حقيقة ما كان يجري في مصر فصدقه (عليه السلام) وعلم أنه كان يقاسي أمورا عظام من المكائد.
ويقول ابن الأثير: أن معاوية ندم على تقريب قيس من جوار الإمام علي وقال: لو أمددته بمائة ألف لكانوا أهون علي من قيس بن سعد من جوار علي، وشهد قيس مع علي (عليه السلام) صفين وكذلك واقعة النهروان وقاتل الخوارج، ولما انتصر (عليه السلام) واستعد للمسير إلى الشام مرة ثانية لحرب الفئة الباغية، اغتاله المجرم ابن ملجم المرادي لعنه الله واستشهد (عليه السلام) ولم ينزع عنه بعد لأمة الجهاد.